entity_delete('field_collection_item', $id)
https://www.drupal.org/project/field_collection/issues/1186826
Ещё один способ:
1. Узнать идентификатор ID осиротевшей (отсоединенной) коллекции.
2. Перейти по адресу: /field-collection/field-НАЗВАНИЕ-КОЛЛЕКЦИИ-ЧЕРЕЗ-ТИРЕ/ID/delete
